El 25 de junio de 2006, Nacional se consagró Bicampeón Uruguayo, tras vencer a Rocha Fútbol Club por 2 a 0 en la segunda final del torneo. A comienzos de 2005, la Asociación Uruguaya de Football, realizó una reestructura organizativa para acompasar las temporadas del fútbol uruguayo al calendario europeo, es decir, temporadas que comenzaran en agosto de un año y finalizaran en junio del año siguiente. La temporada 2005/2006, fue la primera que se jugó al estilo del calendario europeo en la historia de nuestro fútbol. En esa temporada, la A.U.F. instituyó el 102º Campeonato Uruguayo, el cual se jugó entre el 25 de agosto de 2005 y el 25 de junio de 2006, en régimen de Apertura, Clausura y Finales, entre 17 equipos (Nacional, Rocha, Defensor, Defensor Sporting, Danubio, Rampla Juniors, Rentistas, Cerrito, Liverpool, River Plate, Cerro, Deportivo Colonia, Wanderers, Tacuarembó, Miramar Misiones, Peñarol, Bella Vista, que luego del Apertura, descendió de categoría y Central Español, quien ascendió a mitad de temporada y solo disputó el Clausura). El Torneo Apertura se disputó en el segundo semestre de 2005, mientras que el Torneo Clausura y las finales del Campeonato, se jugaron durante el primer semestre de 2006. Cabe destacar, que en aquel torneo se dio un hecho histórico, Nacional se consagró Campeón Uruguayo y Peñarol culminó en el último lugar del certamen, marcándose la máxima distancia entre ambos clubes grandes en el máximo torneo de nuestro fútbol.
En el Torneo Apertura, Nacional fue el equipo que hizo más puntos, sin embargo, la quita de tres unidades, por una sanción sufrida a causa de incidentes acaecidos en el clásico del Clausura 2004, le privaron a Nacional de la obtención del título. El campeón del Apertura fue Rocha F.C., quien se convirtió en el primer club del interior en obtener un título de 1ª División, lo cual significó un hito para la historia de nuestro fútbol. En el Torneo Clausura, Nacional repitió la buena campaña realizada en el Apertura y se consagró campeón una fecha antes del final, tras vencer a Miramar Misiones por 1 a 0 en el Parque Central. Las finales del Campeonato Uruguayo se disputaron por puntos y en régimen de ida y vuelta entre Rocha F.C. y Nacional, como respectivos campeones de Apertura y Clausura. La primera final se disputó el jueves 22 de junio por la tarde en el Estadio Mario Sobrero de la Ciudad de Rocha. En el primer tiempo, Nacional se puso en ventaja 2 a 0, con dos goles de Rodrigo Sebastián Vázquez y con ese resultado se fueron al descanso. A los 5 minutos de la segunda etapa, Luis Suárez marcó el 3 a 0, posteriormente, Rocha descontó a través de Heber Caro, pero sobre la hora el panameño José Luis Garcés cerró la goleada 4 a 1, resultado que prácticamente definió la serie. La revancha se jugó el 25 de junio en el Gran Parque Central. A los 17 minutos del segundo tiempo, Luis Suárez tomó la pelota en el mediocampo sobre la tribuna Delgado, emprendió una jugada personal y definió contra el palo derecho del arquero García, marcando el 1 a 0 para Nacional y a falta de 13 minutos, Rodrigo Sebastián Vázquez, marcó el 2 a 0 sobre el arco de la Abdón Porte, que le dio el cuadragésimo primer título de Campeón Uruguayo a Nacional.
El Director Técnico del equipo fue Martín Lasarte, quién tras haber asumido el cargo en enero de 2005, logró su segundo título de campeón uruguayo como entrenador. El capitán durante casi todo el torneo fue el “Palillo” Marco Vanzini y el equipo tuvo como principales referentes al zaguero Diego Jaume, Fernando Machado, Gustavo Méndez, Gabriel Álvez y Luis Romero. El plantel tuvo algunas variantes entre el Apertura y el Clausura y estuvo integrado por una gran cantidad de juveniles del Club como Mauricio Victorino y Gonzalo “Chori” Castro, que fueron los dos jugadores con más presencias en aquel torneo, Pablo Caballero, Daniel Leites, Maureen Franco, Juan Albín, Alberto Silva, Luis Suárez y Andrés Márquez. Otras figuras destacadas del equipo fueron el arquero Jorge Bava, quien tuvo la valla menos vencida del certamen, Ignacio Pallas, el volante paraguayo Jorge Brítez, quien junto a Vanzini conformaron una gran dupla de mediocampistas, Sebastián Vázquez, Javier Delgado y Jorge “Malaka” Martínez. Aquel torneo marcó el despegue en Nacional de Luis Suárez, uno de los más grandes delanteros del fútbol mundial. El entrenador Lasarte, lo fue incorporando como suplente en el equipo de forma progresiva durante las primeras fechas, hasta que en la novena jornada ante River Plate se afianzó en la titularidad. Suárez, que comenzó jugando aquel certamen con 18 años de edad, anotó 12 goles y fue el segundo goleador del equipo, detrás de Gonzalo Castro que marcó 13.
