En la temporada 2000, Nacional conquistó el primer Campeonato Uruguayo del milenio tras vencer a Peñarol en las finales del torneo. El certamen se disputó entre el 20 de febrero y el 12 de diciembre entre los 18 clubes de 1ª División (Nacional, Peñarol, Defensor Sporting, Danubio, Cerro, Tacuarembó, Rentistas, Bella Vista, River Plate, Racing, Deportivo Maldonado, Juventud, Paysandú Bella Vista, Rocha, Liverpool, Frontera Rivera, Huracán Buceo y Villa Española, quien fue desafiliado injustamente a mitad de temporada por no presentar un escenario reglamentario). En el primer semestre del año se disputó el Torneo Apertura, en el segundo semestre se jugó el Clausura y los días 7 y 10 de diciembre se jugaron las finales del Campeonato Uruguayo entre Nacional, campeón del Apertura y Peñarol, campeón del Clausura. Uno de los hechos que marcó aquel Campeonato, fue la pelea sucitada entre los jugadores de Nacional y Peñarol en el partido clásico del 26 de noviembre, que finalizó con el procesamiento con prisión de varios de ellos. Los jugadores de Nacional privados de libertad tras aquel partido fueron Richard Morales, Mario Regueiro y Marco Vanzini.
En el Torneo Apertura, Nacional se consagró campeón tras ganar 14 de los 17 partidos del torneo. En las 6 primeras fechas, logró 5 victorias y un empate, que rápidamente lo posicionaron como líder del torneo. El 11 de junio, Nacional obtuvo el Torneo Apertura, tras vencer por la antepenúltima fecha a Peñarol por 1 a 0 con un gol de Richard Morales en el arco de la Amsterdam y de esta forma, se clasificó para las finales del Campeonato Uruguayo. En el Torneo Clausura, si bien el equipo realizó una aceptable campaña, no repitió lo hecho en el Apertura y Peñarol obtuvo el certamen. Tras la finalización del partido clásico del Clausura que culminó empatado 1 a 1, se produjo una pelea entre ambos planteles que terminó con varios jugadores procesados con prisión y suspendidos para las finales. Ante esta situación inédita en la historia de nuestro fútbol, Nacional logró sobreponerse de mejor forma que su rival para afrontar las finales. La primera final del Campeonato Uruguayo se jugó el 7 de diciembre en el Estadio Centenario y Nacional venció a Peñarol 1 a 0 con un gol de penal de Sergio Martínez, sancionado tras una falta que le cometieron al argentino Pablo Islas. Previo a la segunda final jugada el día 10, cuando Nacional salió a la cancha, la hinchada tricolor ubicada en la Tribuna Amsterdam, recibió al equipo desplegando una impresionante bandera gigante. A los 25 minutos de la primera etapa, Mario Regueiro, que había estado unos días privado de libertad, por los incidentes de 26 de noviembre, fue derribado dentro del área. Sergio Martínez ejecutó la pena y con un remate bajo puso el 1 a 0. Minutos después, Peñarol logró igualar a través de Joe Emerson Bizera. En el segundo tiempo, Peñarol fue en busca del segundo gol para igualar la serie, pero el sector defensivo de Nacional bancó a pie firme el resultado hasta el final del partido. De esta forma Nacional se consagró Campeón Uruguayo 2000 y dio una nueva vuelta olímpica clásica.
El Director Técnico fue Hugo De León y el Capitán del equipo fue Ruben Sosa, aunque en los últimos partidos del torneo el brazalete de Capitán lo llevó Alejandro Lembo, ya que Sosa no ingresó en el equipo titular. El arquero durante todo el campeonato fue Leonardo Romay, quien tuvo la valla menos vencida del torneo. El lateral derecho fue Martín Del Campo y el lateral izquierdo durante casi todo el torneo fue Federico Bergara, aunque en la recta final del Clausura ocupó el puesto el brasileño Adalto. El zaguero derecho fue Alejandro Lembo, mientras que en el puesto de zaguero izquierdo alternaron Jorgeao y Damián Rodríguez. En el mediocampo, la dupla de volantes durante el Apertura estuvo integrada por Oscar Javier Morales y Carlos Camejo, mientras que en el Clausura la integraron Morales y Marco Vanzini. En zona de ataque, el equipo varió permanentemente de sistema táctico y de jugadores. Como volantes ofensivos alternaron, Walter Fabián Coelho, Ruben Da Silva y Gianni Guigou, quien emigró a Europa finalizado a mitad de temporada. Durante el Torneo Apertura, los delanteros habitualmente fueron Ruben Sosa y Gabriel Álvez, quien fue transferido en el mes de Julio a Europa, mientras que en el Clausura alternaron en la delantera Gustavo Varela, Mario Regueiro, Pablo Islas y el “Manteca” Sergio Martínez, quien fue el goleador del equipo con 15 goles.
