En 1902 Nacional conquistó el primer título de su historia, tras ganar el Campeonato Uruguayo de esa temporada. El título se obtuvo en carácter de invicto, ganando todos los partidos del certamen y marcó el inicio de una interminable cadena de logros y conquistas, que el Club cosechó a través de toda su historia. El Campeonato Uruguayo de 1902, se disputó entre el 8 de mayo y el 28 de setiembre, a dos ruedas y por puntos por los 6 equipos que conformaban la 1º División (Nacional, C.U.R.C.C., Albion, Uruguay Athletic, Deutscher FK y Triunfo FC). El torneo prácticamente se redujo a un mano a mano entre Nacional y C.U.R.C.C. y los cruces entre estos dos clubes fueron finales anticipadas del certamen.
El 11 de mayo, Nacional debutó en el torneo goleando por 5 a 1 al Deutscher Fussball Klub, un equipo de la colonia alemana, que integró la “League” entre 1900 y 1904 y el 18 de mayo, se dio el primer encuentro clave entre Nacional y el C.U.R.C.C. El partido se jugó en el Gran Parque Central ante unas 5.000 personas y Nacional venció 2 a 1 con dos goles de Bolívar Céspedes. En los restantes partidos de la primera rueda, Nacional goleó a Uruguay Athletic 5 a 0, a Albion 3 a 0 y a Triunfo F.C. por 6 a 0 y finalizó dos puntos por encima del C.U.R.C.C., quien había ganado sus otros cuatro partidos de la primera rueda. En la rueda de revanchas, Nacional y C.U.R.C.C. se volvieron a enfrentar el 10 de agosto, pero en esta ocasión en el field de Villa Peñarol. C.U.R.C.C. se puso en ventaja a través de un tanto de Pronzetti, pero rápidamente Bolívar Céspedes igualó el encuentro. Minutos más tarde, su hermano Carlos Céspedes, remontó el tanteador y cerca del final tras una jugada combinada de la línea de forwards, Alejandro Cordero marcó el definitivo 3 a 1 para Nacional. Finalizado el partido, el público invadió la cancha para celebrar y elevar en andas a los jugadores y posteriormente, emprendió la caravana en tren de regreso hasta Estación Central, donde esperaban más hinchas para recibir al equipo. En los siguientes encuentros, venció a Albion 2 a 0 y goleó al Deutscher, quedando de esta forma a un paso del título. Finalmente, el 21 de Setiembre de 1902, Nacional se coronó por primera vez campeón en su historia, tras vencer en el field de Reducto a “Triunfo F.C.” por 3 a 0, con goles de Carlos Céspedes, Bolívar Céspedes y Alejandro Cordero, logrando el título a falta de una fecha para el final del torneo. El 28 de setiembre, Nacional goleó en el Gran Parque Central por 4 a 0 al Uruguay Athletic y cerró de esta forma, la brillante campaña como Campeón Uruguayo invicto y sin puntos en contra.
Aquellos jugadores conformaron el primer gran equipo de la historia de Nacional e iniciaron la primera época de gloria del Club. Aquel equipo, que tenía un promedio de edad de 18 años, quedó marcado en la historia como el que conquistó el primer título del Club y logró las primeras hazañas del fútbol uruguayo. El capitán fue Miguel Nebel, quién ejerció el capitanato entre 1901 y 1905 y fue uno de los capitanes más emblemáticos de toda la historia de Nacional. El arquero del equipo fue Amílcar Céspedes, quien tuvo la valla menos vencida del certamen, pero cabe destacar, que en uno de los encuentros atajó Mario Ortiz Garzón y en otro lo hizo Jorge Ballestero, uno de los fundadores del Club y que en el año 1902 era el Vicepresidente de la Institución. El back derecho fue Carlos Carve Urioste, quien además era el Presidente del Club en ese año, mientras que en el puesto de back izquierdo alternaron Germán Arímalo y Ernesto Boutón Reyes. La línea media se integró con el Capitán Miguel Nebel como half derecho, con Luis Carbone como centro half y con el joven de 16 años Gaudencio Pigni como half izquierdo. En la ofensiva, la línea de forwards durante la primera mitad del torneo, se conformó con Gonzalo Rincón, Bolívar y Carlos Céspedes, Eduardo De Castro y Ernesto Boutón Reyes. En la segunda parte del torneo, ingresó Alejandro Cordero como puntero izquierdo y Ernesto Boutón Reyes, pasó a desempeñarse en la zaga como back izquierdo. La organización del Club en aquel entonces, era un tanto diferente a como la conocemos hoy en día. Varios de los jugadores del equipo, cumplían simultáneamente otros roles dentro de la Institución. El back derecho del equipo, Carlos Carve Urioste, era el Presidente del Club, el arquero suplente Jorge Ballestero era el Vicepresidente, Germán Arímalo era el Tesorero, mientras que Boutón Reyes y Bolívar Céspedes eran Vocales de Directiva.