En la temporada 1990, Nacional se consagró campeón invicto de la Liguilla, obteniendo por segunda vez en su historia el título de este torneo. La Liguilla de 1990, se disputó como cierre de temporada entre el 8 y el 31 de enero de 1991, a una rueda entre los 6 clubes clasificados del Campeonato Competencia y el Campeonato Uruguayo de 1990. Nacional debutó con un agónico triunfo ante Wanderers 2 a 1, luego empató con Peñarol 1 a 1, en el tercer partido goleó a Bella Vista 3 a 0 y en la cuarta fecha jugó el partido decisivo del torneo ante Racing. El equipo albiverde, lideraba la tabla con 6 puntos luego de ganar sus tres encuentros y si vencía a Nacional, conquistaba el título anticipadamente. El 22 de enero de 1991, Nacional goleó a Racing 6 a 0 y pasó al frente de las posiciones y cerró la campaña con un empate 2 a 2 ante Central Español. De esta forma, conquistó la Liguilla y obtuvo su vigésima clasificación a la Copa Libertadores.
Partido desempate del 2º puesto del Torneo Liguilla 1990 – 29 de enero de 1991 – Estadio Centenario
Repechaje clasificatorio para la Copa Libertadores 1991 – 31 de enero de 1991 – Estadio Centenario
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