En la temporada 2011/2012, Nacional obtuvo su cuadragésimo cuarto título de Campeón Uruguayo. Luego de coronarse campeón del Torneo Apertura y haber obtenido la Tabla Anual, el 16 de junio de 2012, venció a Defensor Sporting por 1 a 0 en la final del torneo y conquistó de esta forma la edición 111º del Campeonato Uruguayo. El torneo se disputó entre el 13 de agosto de 2011 y el 16 de junio de 2012, en formato de Apertura, Clausura y Finales, por los 16 equipos que conformaban la 1º División (Nacional, Defensor Sporting, Peñarol, Cerro Largo, Liverpool, Danubio, River Plate, Wanderers, Cerro, Racing, El Tanque Sisley, Rampla Juniors, Bella Vista, Fénix, Cerrito y Rentistas). El torneo, llevó el nombre de “Uruguay Campeón de América 2011”, como reconocimiento a la conquista de la Copa América ganada en Argentina por parte de la Selección Uruguaya, en Argentina a mediados de 2011.
Nacional, comenzó el torneo de forma bastante irregular. En las primeras tres fechas, Nacional empató 3 a 3 con River Plate, 2 a 2 con Defensor, tras un agónico gol de Recoba y 0 a 0 con Cerro en el Tróccoli. En la fecha 7, se disputó un partido que resultó clave, para el desarrollo de la temporada. Nacional se enfrentó a Bella Vista, que estaba en el último lugar de las posiciones. El equipo, tuvo un bajísimo rendimiento y una nula respuesta anímica y cayó derrotado 1 a 0 por los papales. Luego de aquella caída de la séptima fecha, hubo serios cuestionamientos a la continuidad de Marcelo Gallardo, ya que Nacional había quedado ubicado en la octava posición con 10 unidades, a varios puntos de los líderes. El apoyo del plantel hacia Gallardo fue total y el equipo salió fortalecido de aquella situación. El ingreso en el lateral izquierdo, de Darwin Torres, solucionó los problemas defensivos que Nacional padecía por ese sector, ya que, desde su ingreso y hasta el final del Apertura, el equipo solo recibió dos goles. A partir de la octava fecha, Nacional obtuvo una racha de victorias, que le permitieron acercarse en las posiciones a Peñarol, Cerro y Danubio, que eran quienes estaban en los puestos de vanguardia de la tabla. El 20 de noviembre de 2011, se jugó el clásico del Apertura. Nacional llegaba ubicado en la tercera posición de la tabla con 23 puntos, uno por debajo de Peñarol y dos por debajo del líder Danubio. Era una obligación ganar el clásico para seguir en carrera. A los 15 minutos del segundo tiempo, Peñarol se puso en ventaja con un insólito gol de centro. Tres minutos más tarde, empató Gonzalo Bueno, tras una jugada combinada por derecha entre Renato César y Christian Núñez y Álvaro Recoba anotó el 2 a 1 en los descuentos de tiro penal para Nacional, que estaba con 10 jugadores. En la última fecha del Apertura, Nacional venció agónicamente a Liverpool con gol de Recoba, con lo cual conquistó el primer torneo del año y clasificó para las finales del Uruguayo. Durante el Torneo Clausura, Nacional se abocó a la disputa de la Copa Libertadores y no repitió la campaña hecha en el Apertura. Los hechos más salientes del Clausura, fueron el empate 2 a 2 ante Defensor con un gol en la hora de Rolín y el triunfo clásico del 20 de mayo de 2012 por 3 a 2, con goles de Píriz, Porta y Recoba, ya que con ambos rivales, Nacional disputó cabeza a cabeza la tabla anual hasta el final de la temporada. El Clausura, finalmente fue ganado por Defensor, por lo que se clasificó para disputar las finales del Campeonato Uruguayo ante Nacional. El reglamento establecía, que si Nacional ganaba la primera final, se consagraba automáticamente Campeón Uruguayo, si en cambio el vencedor era Defensor, Nacional tenía derecho a la disputa de dos finales más con los violetas, por haber sido el ganador de la Tabla Anual. La final se disputó el 16 de junio de 2012, ante un Estadio Centenario colmado. A los 41 minutos del primer tiempo, Vicente Sánchez generó una jugada por izquierda y envió el centro al área, Recoba recepcionó la pelota tras dejar pasar a un zaguero violeta y luego desparramar al arquero violeta con un amague, anotó el gol del Bicampeonato Uruguayo en el arco de la Amsterdam.
El Director Técnico de Nacional en aquella campaña fue Marcelo Gallardo. Luego de coronarse Campeón Uruguayo como jugador de Nacional en la temporada anterior, Gallardo se retiró de la práctica activa del fútbol. El hecho de que Gallardo tuviera una excelente relación con el plantel y que no hubiesen candidatos firmes para asumir la dirección técnica del equipo, provocó que la Directiva designe a Gallardo como entrenador de Nacional para la temporada 2011/2012. Gallardo, formó un plantel con mucha personalidad y mística, que tuvo sus mejores rendimientos en los partidos decisivos de la temporada. Gallardo, durante las primeras fechas del Apertura, tuvo la difícil misión de rearmar el equipo, tras las partidas de Alejandro Lembo, Santiago García, Sebastián Coates y el juvenil Nicolás López. El arquero durante el Torneo Apertura fue Rodrigo Muñoz, quien además fue el capitán del equipo en aquel certamen. En enero de 2012, Muñoz fue transferido al Libertad de Paraguay, por lo que, en el Clausura, el arquero en la mayoría de los partidos fue Leonardo Burián. Cabe destacar también, la participación de Jorge Bava en el clásico del Clausura y en la final ante Defensor. En defensa, el equipo se paró con línea de 4. El lateral derecho comenzó siendo el brasileño Márquez, sin embargo, desde mitad del Apertura y hasta el final del campeonato, Christian Núñez ocupó ese puesto. La zaga durante el Apertura, la conformaron Alexis Rolín y Jadson Viera, mientras que a en la recta final del Uruguayo, Andrés Scotti ingresó por Viera y en el lateral izquierdo alternaron el argentino Diego Placente y el juvenil Darwin Torres, quien tuvo un altísimo rendimiento en los partidos claves del campeonato. Nacional jugó la gran mayoría de los partidos de aquel uruguayo con un doble 5 compuesto por dos volantes provenientes de las divisiones juveniles del Club, como Maximiliano Calzada y Facundo Píriz, que fue uno de los jugadores con más minutos en cancha del torneo, siendo uno de los pilares de la columna vertebral de aquel equipo. Matias Cabrera fue el volante por derecha, mientras que, en algunos partidos también alternaron Matías Vecino como volante mixto y Matías Abero como cuarto volante por izquierda. Es importante destacar la participación del volante argentino Israel Damonte, un jugador con mucha maña, por lo que se adaptó rápidamente a la idiosincrasia del fútbol uruguayo y de Nacional. En ataque, las figuras más destacadas del equipo fueron Tabaré Viudez, Alexander Medina, Gonzalo Bueno, Richard Porta, goleador del Campeonato con 17 goles y Álvaro Recoba, quien fue dosificado brillantemente por Gallardo, utilizándolo en los segundos tiempos para definir los partidos.
