En la temporada 2005 Nacional conquistó el cuadragésimo Campeonato Uruguayo de su historia. En ese año, la A.U.F. realizó una reestructura organizativa, para acompasar las temporadas del fútbol uruguayo al calendario europeo, es decir, temporadas que comenzaran en julio de un año y finalizaran en junio del año siguiente. Para este fin, la A.U.F. reglamentó una temporada de transición de seis meses, entre enero y junio de 2005. Luego de resuelta la duración de la temporada, se sucitó una polémica en la Asamblea de Clubes, respecto a que clase de torneo era el que se debía disputar dentro de esa temporada. Algunos clubes, no querían disputar un Campeonato Uruguayo a una rueda y propusieron no poner en disputa el título máximo, ni la Copa Uruguaya “Aníbal Zapicán Falco”. Sin embargo, el hecho de que Nacional y Danubio, fueran los únicos clubes que iban a tener doble competencia durante ese semestre, por la participación en la Copa Libertadores 2005, hizo ver con buenos ojos, a los representantes de otros equipos como por ejemplo Defensor y Peñarol, el hecho de poner en disputa, el título de Campeón Uruguayo y la Copa Uruguaya “Aníbal Z. Falco” dentro de ese semestre. Finalmente, eso fue lo que efectivamente sucedió y la A.U.F. instituyó la disputa del 101º Campeonato Uruguayo, por puntos y a una rueda entre los 18 Clubes de 1ª División de aquel entonces (Nacional, Defensor Sporting, Peñarol, Danubio, Rocha, Liverpool, Rentistas, Miramar Misiones, Wanderers, River Plate, Cerrito, Tacuarembó, Fénix, Paysandú, Rampla Juniors, Plaza Colonia, Cerro y Deportivo Colonia).
En el comienzo del certamen, Nacional cosechó 1 empate y 6 victorias en 7 partidos, que lo colocaron como líder del torneo en solitario. En la octava fecha, Nacional empató con Defensor Sporting en el Estadio Franzini, por lo que los violetas no pudieron acortar diferencias y en la jornada siguiente, logró un importantísimo triunfo 2 a 1 ante Wanderers en el Parque Viera, con un gol en la hora de Walter Fabián Coelho, luego de haber comenzado perdiendo. Nacional llegó al tramo final del Campeonato liderando las posiciones y de no mediar varios arbitrajes adversos, Nacional debió conquistar el título con algunas fechas de anticipación. El 12 de junio, se jugó el clásico por la 14ª fecha del torneo en el Estadio Centenario. A falta de 20 minutos para el final, Nacional se había puesto en ventaja 2 a 1 con dos goles de Abreu, pero tras una escandalosa decisión del árbitro, resultó expulsado el arquero de Nacional Sebastián Viera y Peñarol empató 2 a 2. Otros fallos arbitrales, que favorecieron al escolta Defensor Sporting en las fechas finales, provocaron que Nacional y Defensor llegaran igualados en puntaje a la última jornada. En la última fecha, Defensor derrotó a Cerrito en el Estadio Centenario, mientras que en el Parque Central, Nacional venció agónicamente a Rocha por 3 a 2, luego de que el arquero Sebastián Viera atajara un penal en la hora y de que Sebsatián Abreu anotara el tercer gol de Nacional en los descuentos. Unos días antes a que se jugara la primera final del campeonato, Defensor desistió de disputar el partido, aduciendo una disconformidad con el arbitraje del partido de la última fecha entre Nacional y Rocha. Ante esta absurda situación, Nacional inmediatamente reclamó el título ante la AUF y se proclamó con absoluta justicia Campeón Uruguayo 2005 en carácter invicto. De esta forma, obtuvo en definitiva, un título que debió lograr anticipadamente sin necesidad de llegar a la instancia de finales.
El Director Técnico fue Martín Lasarte, quien había asumido el cargo en enero de ese año y el capitán del equipo fue Washington Sebastián Abreu, aunque en los partidos que el minuano no ingresó como titular, el capitanato lo ejerció Oscar Javier Morales. Además de Morales y Abreu, el plantel tuvo otros referentes como Gustavo Méndez, Fernando Machado, Alexander Medina, Gabriel Álvez y Luis Romero. El arquero fue Sebastián Viera, un jugador de 22 años formado en el Club, que en aquel torneo tuvo intervenciones decisivas como por ejemplo el penal contenido en la última fecha ante Rocha. La línea defensiva del equipo se conformó con Ignacio Pallas y varios jugadores formados en el Club, Mauricio Victorino, que jugó como lateral derecho, Carlos Valdez, Daniel Leites e Ignacio La Luz. EL volante central fue Oscar Javier Morales, como volantes mixtos alternaron Sebastián Vázquez, Walter Fabián Coelho y Gustavo Méndez y el volante más ofensivo fue Martín Liguera, goleador del equipo con 9 tantos. En ataque, el “Chori” Gonzalo Castro fue el punta por izquierda durante todo el torneo, mientras que en algunos encuentros, Lasarte jugó con Abreu y Medina como “doble nueve” y en otros jugó con un solo delantero de área y con Gabriel Álvez como extremo por derecha. Cabe destacar la actuación de los Directivos y los Delegados de la Institución, que ante la situación acaecida en las finales, no vacilaron en hace valer los derechos de Nacional y reclamar ante la A.U.F. el título de Campeón Uruguayo.
