El 8 de diciembre de 2002, Nacional se consagró tricampeón uruguayo tras vencer a Danubio en las finales del torneo. El Campeonato Uruguayo 2002, se disputó en dos fases al igual que en la temporada 2001. En el primer semestre del año, los 18 clubes de 1ª División jugaron el Torneo Clasificatorio, torneo del cual clasificaron 10 equipos para la disputa de la segunda fase por el título, mientras que los 8 restantes jugaron el Torneo Permanencia para mantener la categoría. El Torneo Clasificatorio, se jugó a una rueda por puntos entre los 18 clubes, pero tenía un complejo sistema puntuación, que dividía los puntajes en tres grupos de equipos y una tabla general de posiciones. Los clasificados a la segunda fase por el título, fueron los dos primeros equipos de cada uno de los tres grupos y los cuatro primeros de la tabla general de posiciones que no hubiesen clasificado a través de los grupos. En el segundo semestre, los 10 equipos clasificados disputaron la segunda fase en formato de Apertura, Clausura y finales, para dirimir el título de Campeón Uruguayo.
Durante el primer semestre de 2002, Nacional se abocó a su participación en Copa Libertadores, en la cual realizó una aceptable campaña llegando hasta cuartos de final. En el Torneo Clasificatorio, Nacional logró el objetivo de clasificar a la fase por el título y en el clásico rescató un empate 1 a 1, a pesar de afrontar el encuentro con un plantel muy diezmado. En el Torneo Apertura, el equipo mostró su mejor versión del año. En la primera fecha venció a Central Español, con un gol de tiro libre del arquero Munúa, siendo luego del gol de Manga de arco a arco, el segundo caso en la historia del Club, en que un arquero hace un gol en jugada de campo, en la segunda fecha goleó a Danubio 4 a 1 y posteriormente obtuvo 5 triunfos y un empate, que le permitieron llegar al clásico de la última fecha, un punto por encima de Peñarol. Con un triunfo o un empate, Nacional se consagraba campeón automáticamente, mientras que una derrota le daba el título a Peñarol. A los 15 minutos, Richard Morales, bajó una pelota a Oscar Javier Morales en la medialuna y O.J. le pegó de cara externa anotando el 1 a 0 y sobre la hora del partido, cuando Nacional acariciaba el título, Horacio Peralta, realizó una maniobra personal, en la que dejó sentado al arquero Elduayen y definió sobre el arco de la Colombes, marcando el 2 a 0 y asegurando el título. En el Torneo Clausura, Nacional no repitió la performance del Apertura y Danubio conquistó el certamen, clasificándose para disputar las finales del Campeonato Uruguayo ante Nacional. Danubio, había conformado un muy buen equipo en aquella temporada, el cual tenía figuras como Jadson Viera, Pablo Lima, Jorge Anchen, Omar Pouso, el “Pato” Sosa, “Polillita” Da Silva, Ignacio González, Diego Perrone y Juan Manuel Olivera, entre otros. La primera final, se jugó el miércoles 4 de diciembre en Jardines del Hipódromo. A poco de comenzado el segundo tiempo, Claudio Biaggio anotó el 1 a 0 para Danubio, pero promediando la segunda etapa, Marco Vanzini anotó el empate y sobre la hora, Horacio Peralta ejecutó un tiro libre en forma de centro, el cual el arquero no logró contener. De esta forma, Nacional logró una importantísima victoria para alcanzar el título. El 8 de diciembre, se jugó la segunda final en el Estadio Centenario. Con tan solo empatar, Nacional era Campeón Uruguayo. A los 16 minutos del primer tiempo, Andrés Scotti anotó la Apertura para Nacional con un imponente cabezazo, tras un corner sobre el arco de la Amsterdam, promediando la segunda etapa, Diego Perrone empató para Danubio y cuando el partido tenía un final incierto, Horacio Peralta anotó el gol del título, aprovechando un rebote que había dado el arquero danubiano. De esta forma Nacional se consagró tricampeón uruguayo, hito que no lograba desde hacía 30 años.
El Director Técnico, fue un ex jugador campeón de América y del Mundo con Nacional como Daniel Carreño, quien había asumido el cargo a principios de 2002 tras la ida de Hugo De León. El Capitán del equipo fue Alejandro Lembo. Carreño, trató de implantar en los primeros partidos un sistema táctico con línea de tres defensores, aunque finalmente culminó jugando con una tradicional línea de 4. En aquella temporada, Nacional conformó uno de los mejores planteles de los últimos tiempos, integrado por varios jugadores referentes que transitaban por el mejor momento de su carrera. 5 de ellos, Gustavo Munúa, Alejandro Lembo, Gustavo Munúa, Gustavo Varela y Richard Morales, integraron el plantel de la Selección Uruguaya en la Copa del Mundo de Corea y Japón 2002. Además de los jugadores mencionados, el equipo tuvo figuras destacadas como Damián Rodríguez, Jorgeao, Andrés Scotti, Martín Del Campo, el juvenil Daniel Leites, Marco Vanzini, Oscar Javier Morales, Carlos Camejo, Walter Fabián Coelho, el volante ofensivo brasileño Cassiano Mendes, Ruben Sosa, Horacio Peralta, Pierre Ashid Webó y el “Tanque” Santiago Silva, entre otros. El goleador del equipo fue Richard Morales con 24 goles, seguido por Webó con 13 tantos.