El 26 de octubre de 1988, Nacional goleó a Newell’s Old Boys por 3 a 0 y conquistó la tercera Copa Libertadores de América de su historia. La Copa Libertadores de 1988 fue disputada por 21 clubes de Sudamérica. En la primera fase participaron 20 equipos, dos por cada país, divididos en 5 grupos de 4 equipos, de los cuales clasificaban los dos primeros a la siguiente fase. En la segunda fase, los 10 equipos clasificados se eliminaban en 5 llaves mano a mano en régimen de ida y vuelta. Posteriormente, la tercera fase, la disputaron los 5 equipos clasificados de la fase anterior, más Peñarol como campeón de 1987, divididos en tres llaves mano a mano. De estas tres llaves mano a mano, clasificaban a semifinales los tres ganadores, más el mejor de los tres perdedores. Finalmente, las semifinales y la final se disputaron con el sistema tradicional. Nacional, clasificó a la Libertadores 1988, tras vencer a Defensor en el repechaje de la Liguilla 1987 e integró el grupo 2 junto a Wanderers, campeón de la Liguilla 1987, Millonarios y América de Cali de Colombia.
En la fase de grupos, Nacional clasificó sin demasiados sobresaltos. Luego de un flojo debut en el que empató 0 a 0 ante Wanderers, Nacional venció en Montevideo a América de Cali 2 a 0, a Millonarios 4 a 1 y a Wanderers 1 a 0 y viajó a Colombia ya clasificado para disputar los dos últimos partidos del grupo. En segunda fase, empató en Chile con Universidad Católica 1 a 1 con un gol de Revelez y volvió a empatar en la revancha en Montevideo 0 a 0, clasificándose por gol de visitante. Posteriormente, Nacional ganó la llave de tercera fase ante Newell’s, tras empatar 1 a 1 en Rosario, en un partido lleno de irregularidades y luego de triunfar 2 a 1 en Montevideo, aunque a pesar de este resultado, Newell’s igual se clasificó como el mejor de los perdedores. En semifinales, Nacional se enfrentó a América De Cali, que había sido subcampeón en las últimas tres ediciones de la Copa. En la ida, Nacional venció 1 a 0 en Montevideo con un golazo de Yubert Lemos, mientras qué en la revancha en Cali, América se puso en ventaja promediando el segundo tiempo y cuando parecía que el partido iba a penales, Juan Carlos De Lima decretó el agónico gol del empate que le dio a Nacional la clasificación a la final. La primera final se jugó el 19 de octubre en el Estadio de Arroyito y Newell’s ganó 1 a 0 con un gol de Gabrich, resultado que obligaba a Nacional a vencer en Montevideo. La segunda final se jugó el 26 de octubre en el Centenario ante un lleno total. Cuando Nacional salió a la cancha el estadio explotó, desde el momento en que el equipo apareció por el túnel, dejó la sensación de que se iba a llevar al rival por delante. A los 13 minutos del primer tiempo, Ernesto Vargas anotó de media vuelta el 1 a 0, tras una jugada personal de Carlos Soca y a los 37 minutos el “Vasco” Ostolaza marcó de cabeza el 2 a 0. En el segundo tiempo Newell’s trató de reaccionar, pero a falta de 12 minutos, Hugo De León cerró la goleada 3 a 0 con un tiro penal, plasmando una diferencia futbolística ante su rival como pocas veces se dio en una final de América.
Luego de algunos años de resultados adversos, en 1988, Nacional logró rehacerse deportivamente y formó un equipo fuerte con jugadores con buen porte físico, mucha entrega y una impresionante fuerza anímica. Se conformó un plantel sin figuras de renombre, con rendimientos parejos en todas sus líneas y que se fue consolidando durante el transcurso de la Copa hasta alcanzar su pico de rendimiento en las etapas finales. El Director Técnico fue Roberto Fleitas, quien había asumido el cargo en noviembre de 1987. El capitán fue Santiago Ostolaza, aunque en la segunda final ante Newell’s Old Boys, el equipo fue capitaneado por Hugo De León. El plantel, se conformó con algunos jugadores formados en las divisiones juveniles del Club que habían debutado en temporadas anteriores, como por ejemplo José Luis Pintos Saldanha, Tony Gómez, Sergio Olivera, Enrique Saravia, Carlos Favier Soca. En el período de pases de 1986 se incorporaron los mediocampistas Santiago Ostolaza, Jorge Cardaccio y Yubert Lemos, goleador del equipo en aquella conquista con 4 tantos, mientras que a comienzos de 1987 llegaron Héctor Morán y Ernesto Vargas. Finalmente, la mayor camada de jugadores se incorporó en 1988. En ese año se incorporaron el arquero Jorge Seré, los zagueros Felipe Revelez, Martín Lasarte y Hugo De León, éste último llegó recién en setiembre y los delanteros William Castro, Juan Carlos De Lima, Mario López y Daniel Carreño.
