El 18 de octubre de 1998 Nacional se consagró Campeón Uruguayo tras derrotar 2 a 0 a Huracán Buceo e inició un ciclo de dominio deportivo en el ámbito local que se prolongó durante casi 20 años. El año 1998 marcó un punto de inflexión en la historia moderna de Nacional. Tras las elecciones de diciembre de 1997, asumió la presidencia del Club Dante Iocco y junto a un grupo de dirigentes como Oscar Magurno, Jacinto Muxi, Eduardo Ache, Walter Audifred, Hernán Navascues y Alejandro Balbi, entre otros, generó un cambio en la conducción institucional, que se vio reflejado en el ámbito político y deportivo. En el Campeonato Uruguayo 1998, Nacional ganó los dos clásicos del certamen, conquistó el Torneo Apertura y el Torneo Clausura, obteniendo automáticamente el título de Campeón Uruguayo sin necesidad de jugar finales, hecho inédito hasta aquel entonces y que recién repitió Danubio en la temporada 2006/2007. El certamen llevó el nombre del Profesor Juan Carlos Ceriani y se disputó entre el 21 de marzo y el 18 de octubre entre los 12 clubes de 1ª División (Nacional, Peñarol, Bella Vista, Rentistas, River Plate, Danubio, Defensor Sporting, Rampla Juniors, Villa Española, Huracán Buceo, Liverpool y Wanderers).
Tras un flojo arranque del equipo en la Copa Libertadores de América, se había puesto en duda la continuidad del cuerpo técnico encabezado por Hugo De León. En la segunda fecha del Torneo Apertura, Nacional venció de atrás a River Plate por 4 a 3, tras ir perdiendo 3 a 0, en un partido que iba a ser bisagra en la campaña de 1998 y a la postre se iba a convertir en uno de los partidos más importantes del Club en los últimos tiempos. Este triunfo, significó un envión anímico fundamental para la conquista del Torneo Apertura y para el resto de la campaña. El torneo Apertura, se disputó punto a punto con Peñarol y el primer enfrentamiento clásico se dio el 17 de mayo por la antepenúltima fecha. Ambos equipos, llegaron igualados en la punta del torneo con 18 puntos, por lo que el partido fue una final anticipada por el título. En primer tiempo, Nacional fue algo superior pero no pudo abrir la cuenta y a falta de 8 minutos para finalizar el partido, Jorgeao ejecutó un tiro libre en forma de centro y Carlos Camejo anotó de cabeza en el área chica la apertura para Nacional y sobre la hora Gianni Guigou liquidó el clásico, tras una jugada de antología de Camejo. El 7 de junio, los resultados de los escoltas, consagraron campeón automáticamente a Nacional, quien al día siguiente, festejó el título en un recordado partido ante Huracán Buceo que finalizó con victoria 7 a 4. En el Torneo Clausura, Nacional comenzó el certamen de buena manera logrando 4 triunfos en 5 partidos, pero tras caer con Rentistas y empatar con Bella Vista relegó algunas posiciones. Peñarol y Rentistas pasaron a ocupar las posiciones de vanguardia en la recta final, pero luego del triunfo clásico de Nacional sobre Peñarol por 4 a 2 en la antepenúltima fecha, las últimas dos jornadas del Clausura se transformaron en un mano entre Rentistas y Nacional. Rentistas llegó al partido de última jornada con Danubio con 22 puntos, mientras que Nacional que tenía 20 unidades, debía vencer a Huracán Buceo y esperar un traspié de Rentistas. El 18 de octubre, Rentistas cayó sorpresivamente derrotado en el último partido de local ante Danubio, mientras que, esa misma tarde Nacional venció en el Centenario a Huracán Buceo por 2 a 0 con goles de Gabriel Álvez y Jorgeao. De esta forma, Nacional se consagró campeón del Torneo Clausura y automáticamente Campeón Uruguayo sin necesidad de jugar finales.
El Cuerpo Técnico y el grupo de jugadores de esa temporada, quedaron marcados como uno de los planteles más importantes en la historia de Nacional. El Director Técnico fue Hugo De León, quien había asumido el cargo a principios de 1998, tras haber tenido una brevísima experiencia dirigiendo en el fútbol brasileño en años anteriores y el preparador físico fue otra gloria del Club como el Prof. Esteban Gesto. De León sufrió un absurdo ataque por parte de la gremial de entrenadores, por no haber realizado el curso de técnico en nuestro país, pero igualmente De León se sobrepuso a la situación, ganó el Campeonato de punta a punta y se transformó durante varios años en el entrenador más importante de nuestro fútbol. El Capitán fue Ruben Sosa, y el equipo se conformó prácticamente desde cero, con una mixtura de juveniles del Club que habían tenido escasa participación en años anteriores como el arquero Gustavo Munúa, Damián Rodríguez, Rodrigo Lemos, Gianni Guigou, Walter Fabián Coelho, Jorge “Chispa” Delgado y Gustavo Varela y un grupo de jugadores que se incorporaron al Club a comienzos de 1998 procedentes de otros clubes, como Leonardo Romay, Cecilio De los Santos, Jorgeao, Pedro Barrios, Federico Bergara, Carlos Camejo, Marco Vanzini, Martín Del Campo, Gabriel Álvez, Mario Regueiro, Milton “Tyson” Núñez y Jorge “Gallegol” Ramírez. El Capitán Ruben Sosa fue uno de los goleadores del Campeonato Uruguayo con 13 goles.