En la temporada 1939, Nacional se consagró Campeón Uruguayo e inició el camino hacia la conquista del Quinquenio de Oro. El Campeonato Uruguayo de 1939 fue disputado por puntos y a dos ruedas por los 11 clubes profesionales de aquel entonces. El certamen comenzó el 29 de julio y tras culminar las dos ruedas del torneo, Nacional y Peñarol terminaron igualados en 28 puntos en la primera posición, por lo que hubo que disputar una final. Dado lo avanzado del año de 1939, la final recién se pudo disputar el 28 de abril de 1940. En ese Campeonato Uruguayo se jugaron dos clásicos que marcaron la historia de nuestro fútbol. El primero de ellos, fue el clásico del “Graf Spee” del 17 de diciembre de 1939, válido por la segunda rueda del torneo, en el que Nacional venció 1 a 0 e inició una racha de 10 triunfos clásicos por el Campeonato Uruguayo, récord inigualado hasta la fecha y el otro, fue la final del Campeonato, en la cual Nacional obtuvo el título tras vencer por 3 a 2. Esta final del 28 de abril de 1940, fue uno de los clásicos bisagras en la historia de nuestro fútbol, ya que cortó un ciclo de conquistas del tradicional rival y dio comienzo el Quinquenio de Oro de Nacional.
En el comienzo del Campeonato Uruguayo de 1939, Nacional sufrió algunos traspiés. En la primera fecha cayó con Rampla Juniors 2 a 1, en la segunda perdió con Racing 1 a 0 y en la tercera jornada empató con River Plate 0 a 0. A partir de la cuarta fecha, Nacional logró una racha de 5 victorias gracias a un repunte en los rendimientos de Ciocca, Porta y Atilio García, pero cerró la primera rueda de mala manera en el clásico de la penúltima fecha. Finalizada la primera mitad del torneo, Nacional y Peñarol lideraban las posiciones con 13 puntos, seguidos de River Plate, Wanderers y Sud América con 12. La segunda rueda, fue un mano a mano entre Nacional y Peñarol y ambos equipos llegaron igualados en la punta con 24 unidades a falta de 3 partidos. El 8 de diciembre, por la antepenúltima fecha Peñarol venció a Sud América y el día 10, Nacional cayó sorpresivamente con Defensor por 2 a 1, resultado que dejaba a Peñarol como único líder a falta de dos partidos. El 17 de diciembre, por la penúltima fecha del torneo, se disputó uno de los clásicos más cruciales de la historia. Si Peñarol vencía, esa tarde se coronaba pentacampeón uruguayo y si se daba un empate, los aurinegros con tan solo empatar en la última fecha conseguían el mismo objetivo, por lo que Nacional estaba obligado a vencer para igualarlo en la tabla. Aquel domingo, en pleno contexto de la segunda guerra mundial, se estaba sucitando una batalla naval en aguas del Río de la Plata, entre el acorazado nazi “Graf Spee” y la flota de los aliados. El partido clásico, comenzó con Peñarol un poco mejor parado en la cancha, pero a los 37 minutos, Luis María Fazio ejecutó un tiro libre desde la derecha, Hernández bajó la pelota en el área para Arturo De León y el puntero izquierdo, anotó con un remate cruzado el 1 a 0 para Nacional. Con este resultado, Nacional igualó las posiciones en la tabla. Luego del partido, el público se fue masivamente hacia la costa montevideana, para presenciar un hecho histórico, como fue la explosión y el posterior hundimiento del “Graf Spee”. En la última fecha, tricolores y aurinegros ganaron sus partidos, por lo que hubo que jugar una final para dirimir el título. La final recién se disputó el 28 de abril de 1940, esa tarde, Peñarol iba por el pentacampeonato, mientras que Nacional, buscaba cortar una racha de 4 años sin lograr el título máximo de nuestro fútbol. El partido comenzó con situaciones de gol en ambos arcos, hasta que, a los 39 minutos Porta envió un corner cerrado, la pelota se le escapó al arquero Barrios y Francisco Arispe aprovechó para anotar el 1 a 0 para Nacional. A los 40’ del segundo tiempo, Camaití empató para Peñarol con un golpe de cabeza y llevó el partido al alargue. A los 8 minutos del alargue, Nacional anotó el 2 a 1 nuevamente a través de una pelota quieta, Porta ejecutó un tiro libre y Luis Volpi, anticipó con un cabezazo la salida del arquero Barrios marcando el segundo gol y 5 minutos más tarde, Volpi habilitó en profundidad a Atilio García, quien definió con un tiro rasante ante la salida de Barrios, anotando el 3 a 1 en el arco de la Colombes. A falta de 10 minutos, Camaití decretó un nuevo descuento para Peñarol y el partido finalizó con la victoria 3 a 2 para Nacional. Aquella tarde, Nacional cortó un ciclo del tradicional rival en nuestro máximo torneo y conquistó el primer título del “Quinquenio de Oro”:
Para hablar del plantel campeón de 1939, hay que hacer una separación entre el equipo que actuó durante las dos ruedas regulares del torneo, del que jugó la final el 29 de abril de 1940. Durante 1939, el Director Técnico del equipo fue Sir William Reaside, un brillante entrenador escocés, a quién tras su brillante campaña de 1938, la Directiva encabezada por Narancio, le renovó el contrato hasta diciembre de 1939. Finalizado el contrato, por el cual se le pagaban 62 Libras mensuales, fue imposible renovarlo, por lo que, a partir de 1940 el equipo quedó a cargo de su ayudante técnico el “Manco” Héctor Castro. Nacional tuvo la valla menos vencida del torneo. El arquero fue Aníbal Paz, quien había llegado a Nacional a comienzos de 1939 procedente de Bella Vista, aunque cabe destacar también, la participación de Barbotto y de Véliz en algunos encuentros. La pareja de backs, la conformaron durante todo el torneo Luis María Fazio, un zaguero argentino, que llegó a Nacional a principios de 1939 procedente de Independiente de Avellaneda y Juan Ramón Cabrera, uno de los zagueros izquierdos más importantes en la historia del Club, que defendió a Nacional durante 10 temporadas consecutivas. En la línea media, en el puesto de half derecho comenzó jugando Mario Rodríguez y desde mitad de la primera rueda hasta el final del torneo, actuó Luis Alberto Luz, un half tacuaremboense surgido en las divisiones juveniles del Club. El centrohalf fue el Capitán Ricardo Faccio y el half izquierdo fue Lirio Fernández. En ataque, el puntero derecho fue el “Tano” Roberto Porta, quien fue el segundo goleador del equipo con 15 tantos, el entreala derecho fue el “Príncipe” Aníbal Ciocca y el centro forward, fue el indiscutible Atilio García, goleador del torneo con 22 tantos. En el puesto de inside izquierdo alternaron Francisco Arispe y Enrique Hernández y el puntero izquierdo fue Arturo De León, un wing de 30 años, que había llegado en 1935 a Nacional procedente de Sud América. De León, fue el autor de uno de los goles clásicos más importantes de la historia, gracias a su gol en el clásico del “Graf Spee”, Nacional cortó el inminente pentacampeonato del tradicional rival, forzó la final del torneo e inició una racha de 10 victorias clásicas consecutivas por Campeonato Uruguayo. En la final del torneo, el equipo fue dirigido por el “Manco” Castro, el triángulo final se conformó con Aníbal Paz, Fazio y Cabrera. La línea de halves se integró con Luz de half derecho, Rodolfo Pini de centrohalf, quién hasta esa tarde, apenas había jugado dos partidos oficiales con el Club y con Galvalissi como half izquierdo, mientras que en ataque, jugó el artíguense de 19 años Luis Tomás Volpi como wing derecho, Ciocca y Arispe de entrealas, Atilio de centro delantero y Roberto Porta de wing izquierdo.