En la temporada de 1933, Nacional conquistó uno de los títulos más épicos de toda la historia del fútbol uruguayo. Luego de finalizar empatados en el primer puesto del Campeonato, Nacional venció a Peñarol al cabo de tres finales históricas. En la primera de ellas, Nacional logró empatar 0 a 0, luego de afrontar 87 minutos con 9 jugadores y en la última final, venció por 3 a 2 con tres goles del “Manco” Castro, luego de ir en desventaja, logrando uno de los títulos más memorables de la historia de nuestro fútbol. El Campeonato Uruguayo de 1933, se disputó a tres ruedas por puntos entre los 10 clubes profesionales de 1ª División. A fines de los años 20’ y principios de los 30’, el plantel de Nacional sufrió la baja de varios jugadores que emigraron al exterior, contratados por clubes profesionales de otros países. En 1932, Nacional impulsó la instauración del régimen profesional en nuestro fútbol, para terminar con los casos de profesionalismo encubierto, denominado “amateurismo marrón” y para poder mantener a las principales figuras del fútbol uruguayo actuando en nuestro medio. Finalmente, el 30 de abril de 1932 se instauró el régimen profesional en el fútbol uruguayo. El nuevo régimen, aparte de modificar la vinculación contractual entre jugadores y clubes, reformó la estructura de la 1ª División. Se redujo a 10, el número de clubes de la máxima categoría y se suprimieron los ascensos y descensos, por lo que, durante 6 temporadas se mantuvieron los mismos 10 equipos en 1ª División. Otra reforma importante, fue que el Campeonato Uruguayo pasó a jugarse a tres ruedas, formato que se mantuvo hasta 1934.
En la primera rueda del Campeonato, Nacional obtuvo 8 triunfos en 9 partidos, entre los que se destacan las goleadas 4 a 0 a Bella Vista y 3 a 0 a Wanderers y el triunfo clásico del 11 de junio por 2 a 0 con goles de Pedro Petrone y Pedro Ithurbide. Tras esta brillante primera rueda, Nacional finalizó como líder de las posiciones con 17 puntos, escoltado por Peñarol con 13. A fines de julio, se sucitó la renuncia del técnico Ondino Viera, ante lo cual asumió el cargo el entrenador húngaro Américo Szigetti. En la segunda rueda del torneo, ya con Szigetti al frente del equipo, Nacional obtuvo 7 victorias y 2 empates, con lo cual logró mantener los 4 puntos de ventaja en el liderazgo de la tabla. En la tercera rueda, el equipo sufrió un pronunciado bajón y comprometió sus chances de lograr el título. En los primeros siete partidos, Nacional cosechó tres empates y una derrota y en el octavo partido logró una ajustada victoria ante Defensor por 2 a 1. Con estos resultados, Peñarol pasó a liderar la tabla un punto por encima de Nacional, restándole un partido por jugar a cada uno. El 26 de noviembre Peñarol tuvo la chance de lograr el título ante Sud América, pero los buzones le empataron hazañosamente el partido, jugando con el triángulo final del equipo reserva y el 3 de diciembre Nacional venció a Rampla 2 a 0 con goles de Duhart, forzando la final del torneo. La final del Campeonato Uruguayo 1933, se disputó el 27 de mayo de 1934. A los 63’ minutos, se sucitó uno de los hechos más recordados en la historia de nuestro fútbol, en un ataque de Peñarol, la pelota se iba afuera por línea de fondo, rebotó en la valija del kinesiólogo de Nacional Kirschberg, que estaba atendiendo a un jugador fuera del campo, el balón volvió al terreno y Braulio Castro aprovechó para marcar el famoso “gol de la valija”. El árbitro Telésforo Rodríguez, hizo una seña ambigua, ante lo cual los jugadores de Nacional se fueron arriba a protestarle, provocando que el árbitro suspendiera el partido. El asunto pasó a tribunales de la AUF, en donde se resolvió: 1) Anular el gol; 2) Expulsar y suspender a los jugadores de Nacional Nasazzi y Labraga y 3) Jugar el pico restante 9 contra 11. El pico se disputó el 25 de agosto y Nacional aguantó heroicamente el 0 a 0 con 9 jugadores, durante los 27 minutos restantes del tiempo reglamentario, más los dos alargues de 30, totalizando un global de 87 minutos. La segunda final se disputó el 2 de setiembre y volvió a finalizar empatada 0 a 0, mientras que la última y definitiva final se jugó el 18 de noviembre. Peñarol, se puso en ventaja al final del primer tiempo con un gol de Braulio Castro, pero en el entretiempo el “Manco” Castro prometió revertir el resultado. A los 8 del complemento el “Manco” empató el partido, 5 minutos después, Arremond marcó el 2 a 1 para Peñarol, a los 61’ el “Manco” volvió a empatar el partido y a falta de 13 minutos, nuevamente el “Manco” anotó el 3 a 2 definitivo que le dio el título a Nacional.
Durante los 11 primeros partidos del torneo, el Director Técnico fue Ondino Viera, un joven preparador físico de 32 años de edad, que con el pasó de los años se convirtió en uno de los más grandes Directores Técnicos de nuestro fútbol. A pesar de que Ondino, logró excelentes resultados en ese período, la Directiva decidió encomendar la dirección técnica del equipo a un entrenador más experimentado como el húngaro Américo Szigetti. Si bien en los primeros partidos, Szigetti no logró los mismos resultados que Viera, el húngaro fue fundamental en la planificación del clásico del “9 contra 11” y en las dos finales restantes que consagraron a Nacional campeón. El Capitán del equipo fue el “Mariscal” José Nasazzi, “Capitán de capitanes del fútbol uruguayo”. Nasazzi, ya había tenido un pasaje por Nacional en 1925 y a comienzos de 1933, llegó al Club por segunda vez procedente de Bella Vista. El arquero fue el flaco Eduardo García, quien tuvo la valla menos vencida del torneo. En 1933, García mantuvo su arco invicto durante 922 minutos por partidos de Campeonato Uruguayo (10 partidos y fracción) y alcanzó el récord de imbatibilidad, que mantuvo vigente por más de 35 años. La pareja de backs la integraron José Nasazzi y Domingos Da Guía, uno de los más grandes zagueros brasileños de la historia. A comienzos de 1934, Domingos pasó a Boca Juniors y en la final del 27 de mayo de ese año, Nasazzi fue suspendido, por lo que, la pareja de zagueros ante Peñarol en las finales la conformaron Juan Ramón Cabrera y Ulises Chiflet. La línea media, el half derecho fue Arsenio Fernández, un fernandino que había llegado al Club en 1931, en el puesto de centrohalf alternaron Miguel Andriolo, Félix Magno y Ricardo Faccio, mientas que el half izquierdo fue Marcelino Pérez. El quinteto ofensivo del equipo, tuvo constantes variantes de nombres y posiciones durante el desarrollo del certamen. Los atacantes que más participación tuvieron en aquella campaña fueron los wings derechos Juan Miguel Labraga, José Luis Peirano y el austríaco Rodolpho Barteczko “Patesko”, los entrealas derechos Pedro Duhart, Francisco Arispe y Aníbal Ciocca, los centro forwards Pedro Petrone, goleador del equipo y el “Manco” Héctor Castro, quien durante 1933 actuó como entreala y en las finales del torneo jugó como delantero centro, los entrealas izquierdos Enrique Fernández y Conduelo Píriz y los wings izquierdos Ithurbide y Zoilo Saldombide.