El 11 de diciembre de 1988, Nacional se consagró por tercera vez campeón del mundo, tras vencer al PSV Eindhoven de Holanda, en una de las finales más épicas y emocionantes de la historia de la Copa Intercontinental. El encuentro se jugó en el Estadio Nacional de Tokyo entre Nacional, campeón de la Copa Libertadores 1988 y el PSV Eindhoven, campeón de la Copa de Campeones de Europa 1987/88. El PSV era patrocinado por la empresa multinacional Philips y el plantel estaba conformado por jugadores de diversas selecciones. El Director Técnico era Guus Hiddink y el equipo tenía figuras como Eric Gerets, capitán de la selección de Bélgica, el brasileño Romario, Jan Heintze y Soran Lerby de la selección de Dinamarca y varios jugadores de la selección de Holanda como Ronald Koeman, Hans Van Breukelen, Wim Kieft, Gerald Vannenburg y Berry Van Aerle, que a mediados de ese año habían conquistado la Eurocopa de Naciones 1988.
A los 8 minutos de comenzado el partido Nacional se puso en ventaja, William Castro ejecutó un corner desde la derecha y Santiago Ostolaza anotó de cabeza el 1 a 0. En el transcurso del segundo tiempo, PSV comenzó a manejar el trámite del partido y a falta de 11 minutos para el final, Romario empató para los holandeses, llevando el partido al alargue. A los 5 minutos del segundo tiempo del alargue, el árbitro Jesús Díaz Palacios cobró un penal inexistente y Ronald Koeman anotó el 2 a 1 para el PSV y cuando parecía que los holandeses se llevaban el título, en el último minuto del alargue Yubert Lemos ejecutó un corner desde la izquierda, en el segundo palo Santiago Ostolaza, le ganó en el saltó a los zagueros y al arquero Van Breukelen, logró cabecear la pelota casi con la nuca y el zaguero Gerets la rechazó desde adentro del arco. Tras un instante de indecisión, el árbitro salió corriendo hacia el mediocampo validando el agónico gol del empate para Nacional. Finalizado el partido, se procedió a dirimir el título en una apasionante definición por penales, en la que se remataron un total de 20 ejecuciones. En el inició de la serie ambos equipos anotaron el primer penal y fallaron el segundo remate. PSV convirtió el tercer penal, mientras que Morán desvió su disparo, por lo que el equipo holandés pasó al frente 2 a 1. A partir de ese momento, Nacional quedó sin margen de error. Romario anotó el cuarto penal para PSV y William Castro, que había quedado obligado a anotar para mantener con vida a Nacional, convirtió su ejecución. El quinto penal fue dramático, ya que PSV debía fallar y Nacional debía convertir para seguir en carrera. Seré contuvo el remate del danés Lerby y Hugo De León anotó para Nacional empatando la serie. En la tanda de “uno y uno” ambos equipos anotaron los dos primeros penales. En el tercer remate, Seré contuvo la ejecución de Gerets y Nacional por primera vez quedó a un gol del título, pero Pintos Saldanha estrelló su disparo en el travesaño, por lo que hubo que proseguir con la definición. Koot anotó el siguiente penal para los holandeses y Ostolaza volvió a igualar para Nacional y cuando la definición parecía interminable, llegó la instancia decisiva. Seré le atajó el décimo penal a Van Aerle y Tony Gómez quedó con la posibilidad del título en sus pies. El melense remató alto y a la izquierda del arquero y anotó el penal que le dio a Nacional el tercer título de campeón mundial. ¡!Nacional del Mundo!!
El Cuerpo Técnico en aquella conquista, estuvo integrado por el entrenador Roberto Fleitas y por el Ayudante Técnico fue Saúl Rivero, quien tuvo una activa participación en el tramo final del encuentro. El Capitán del equipo fue el “Patriarca” Hugo De León. El arquero fue Jorge Seré, quien fue uno de los héroes de aquella conquista atajando 4 penales en la definición y la pareja de zagueros la integraron Daniel Felipe Revelez y Hugo De León. En los días previos al partido, el lateral izquierdo Carlos Favier Soca sufrió una lesión en su pie y quedó descartado de la final, por lo que Pintos Saldanha ocupó el puesto de Soca, ingresando Tony Gómez en el lateral derecho, quien a la postre fue quien anotó el gol del título. El mediocampo estuvo integrado por Jorge Daniel Cardaccio como volante más retrasado, por Santiago Ostolaza, autor de los dos goles del partido y elegido por la organización como el mejor jugador del partido y por Yubert Lemos como volante más ofensivo. En ataque jugaron Ernesto Vargas como puntero derecho, Juan Carlos De Lima como centro delantero y William Castro como puntero izquierdo.
