En 1916 Nacional se consagró Campeón Uruguayo en forma invicta y logró el segundo bicampeonato uruguayo de su historia. Tras una reforma reglamentaria previo al inicio de la temporada, la cantidad de clubes de 1ª División disminuyó de diez a nueve, por lo que el Campeonato Uruguayo de 1916 se disputó por puntos y a dos ruedas todos contra todos, entre los nueve clubes que militaron en ese año en la máxima categoría (Nacional, Peñarol, Wanderers, Central, Defensor, River Plate, Universal, Dublín y Reformers). En el Campeonato Uruguayo de 1916, Nacional realizó una de las mejores campañas de su historia, en la cual ganó 14 de los 16 partidos disputados y empató los dos restantes. Luego de una brillante actuación, Nacional obtuvo el título anticipadamente a falta de varios partidos para el final y culminó el torneo con 12 puntos de ventaja sobre sus escoltas.
En el inicio del Campeonato, “Central Football Club” (actual Central Español), comenzó liderando las posiciones del torneo, luego de lograr tres victorias consecutivas. En esas primeras tres fechas, Nacional derrotó a Wanderers 2 a 0, empató ante Universal 1 a 1 y ante Defensor 0 a 0. Estos dos empates en el inicio del torneo, fueron los únicos dos traspiés que iba a tener el equipo en el certamen, ya que, a partir de la cuarta fecha, Nacional ganó todos los encuentros restantes. El 4 de junio, se disputó el clásico de la primera rueda ante Peñarol. El encuentro se jugó en el Parque Central ante más de 15.000 personas. Durante el trámite del primer tiempo, Peñarol fue algo más ordenado, pero a los 24 minutos, Nacional marcó la apertura. El entreala Pablo Dacal, envió un centro desde la derecha, que tomó mal parado al arquero aurinegro Cornú y marcó el 1 a 0, con el que Nacional ganó el primer clásico del certamen. El 23 de julio, cuando ya lideraba las posiciones del torneo en solitario, Nacional enfrentó por la primera rueda a Central. Central, que fue una de las revelaciones de aquel certamen y el equipo tenía como figura destacada al moreno centrohalf Juan Delgado. A los 27 minutos del primer tiempo, Romano habilitó a Héctor Scarone y el “Mago” le pegó desde más de 20 metros por encima del arquero, anotando el 1 a 0 definitivo. Finalizados los 9 partidos de la primera rueda, Nacional ya se había despegado en el primer lugar de la tabla con 6 puntos de ventaja sobre sus perseguidores. En la segunda rueda, Nacional mantuvo la racha de victorias, entre las que se destaca el partido del 12 de octubre ante River Plate jugado en el Parque Lugano, un escenario hoy desaparecido, que estaba ubicado en el cruce de Lucas Obes y Cisplatina. Esa tarde, Nacional venció 2 a 1 con un gol olímpico de Vanzino. Finalmente, Nacional, se consagró campeón el 15 de octubre, tras vencer 1 a 0 a Dublín en el Gran Parque Central, cuando aún restaban varios partidos para el final. Dublín Football Club, fue un equipo que militó en 1ª División con algunas intermitencias entre 1908 y 1923. En el primer tiempo del partido, Nacional no pudo abrir el score y sobre los 5 minutos del segundo tiempo, Héctor Scarone, anotó el gol del título sobre el arco que daba hacia Monte Caseros, venciendo al arquero de los “reds” Marques Castro. Como corolario de la brillante campaña, Nacional, cerró el torneo venciendo a Peñarol en Las Acacias por 3 a 1, con dos goles de Héctor Scarone y uno de Pascual Somma, en lo que a la postre iba a ser el primer y único clásico oficial de la historia jugado en ese estadio.
Uno de los hechos más destacados de aquel torneo, fue el debut oficial de Héctor Scarone, quien años más tarde se convertiría en el mejor jugador del mundo. Scarone debutó el 30 de abril, en el partido de la tercera fecha ante Defensor, integrando el equipo titular en sustitución de su hermano mayor Carlos. Desde ese partido, Héctor se mantuvo en el equipo titular hasta el final del certamen y con tan solo 17 años de edad, fue el goleador del equipo con 9 tantos. El capitán de Nacional en aquel torneo fue el “Mariscal” Alfredo Foglino. El arquero, en 14 de los 16 partidos fue Santiago Demarchi, el back izquierdo fue Alfredo Foglino, mientras que en el puesto de back derecho comenzó jugando Francisco Castellino y luego ocupó el puesto Ramón Pesquera. La línea de medios, la conformaron habitualmente tres leyendas del Club como Pedro Olivieri en el half derecho, Abdón Porte como centro half y José Vanzino en el half izquierdo, mientras que el quinteto ofensivo varió de integrantes y puestos durante todo el torneo. El puntero derecho habitualmente fue Pascual Somma, en el puesto de entreala derecho alternaron Héctor Scarone y Pablo Dacal, como centro forward actuó en algunas ocasiones Ángel Romano y en otras lo hizo Nicanor Rodríguez, un jugador de las divisiones inferiores del Club, que en 1916 disputó 13 partidos y anotó 9 goles, en el puesto de entreala izquierdo jugó generalmente Carlos Scarone y en el puesto de wing izquierdo, comenzó jugando Martín Lázaro y posteriormente, alternaron en esa posición José Brachi y el propio Ángel Romano.
