En la temporada 1903, Nacional conquistó uno de los Campeonatos Uruguayos más memorables de toda la historia de nuestro fútbol. El título, se logró tras vencer al C.U.R.C.C. en la final del torneo, disputada durante la guerra civil de 1904. El Campeonato Uruguayo de 1903, se disputó a dos ruedas y por puntos todos contra todos, entre los siete clubes de 1ª División (Nacional, C.U.R.C.C., Albion, Uruguay Athletic, Deutscher F.K., Triunfo F.C. y Montevideo Wanderers, quien se había incorporado en esa temporada a la máxima categoría). Tras finalizar las dos ruedas, Nacional y C.U.R.C.C. culminaron igualados en la primera posición con 22 puntos, por lo que hubo que disputar una final para dirimir el torneo. Debido a un absurdo reclamo de puntos y al inminente estallido de la guerra civil, la final se debió postergar para 1904.
En la primera rueda, Nacional y C.U.R.C.C. vencieron a todos los rivales del torneo y en el encuentro disputado entre ellos, el 19 de julio en el Gran Parque Central, empataron 0 a 0. De esta forma, ambos clubes finalizaron igualados en la primera posición de la tabla con 11 puntos. El 27 de setiembre, Nacional y C.U.R.C.C. se volvieron a enfrentar, pero esta vez por la rueda de revanchas en el field de Villa Peñarol. A los 15 minutos, Anciento Camacho marcó el 1 a 0 parcial para el C.U.R.C.C., resultado que prácticamente le daba el título al Club inglés, ya que de ganar el partido que le restaba se coronaría campeón, pero a los 25 minutos del complemento, Carlos Céspedes marcó el empate definitivo 1 a 1. C.U.R.C.C. ganó el partido que le restaba ante Wanderers y llegó a 22 puntos, mientras que Nacional con 16 unidades, quedó obligado a vencer en los tres encuentros que aún le faltaban. El 4 de octubre, Nacional venció a Triunfo F.C. 2 a 0, una semana más tarde goleó a Uruguay Athletic 4 a 0 y el 1º de noviembre goleó a Wanderers en Millán 4 a 0, igualando el puntaje del C.U.R.C.C. Tras la goleada del 11 de octubre ante el Uruguay Athletic por 4 a 0, el Capitán de Nacional Nebel, firmó el formulario, mientras que el Capitán del U.A. prometió llenarlo y firmarlo luego, para entregarlo personalmente en la semana a la Liga. Traicioneramente, el Capitán Mac Cubbin no entregó el formulario y elevó un reclamo conjuntamente con el Secretario de la Liga para quitarle los puntos a Nacional. Llamativamente, la Liga no se expidió y dilató la resolución, hasta que finalmente, Nacional logró que se le adjudicara la victoria lograda en la cancha y se procediera a fijar la final ante C.U.R.C.C. Durante 1903, Nacional había afrontado los partidos de la fase regular del torneo, con el equipo completo que había ganado el campeonato de 1902 y había vencido a Argentina el 13 de setiembre de 1903, sin embargo, para 1904, el primer equipo de Nacional se había desmantelado a causa de la guerra. La Liga Uruguaya, en una injusta decisión, fijó la final para el 28 de agosto de 1904, entre medio de las batallas de “Tupambaé” y ”Masoller”, lo que obligaba a Nacional a afrontar el partido con importantes bajas. El C.U.R.C.C. por su parte, contaba con el plantel completo, ya que sus jugadores estaban eximidos del reclutamiento militar, por pertenecer a la empresa del ferrocarril. La Directiva de Nacional, realizó una gestión política a través de Pedro Manini Ríos y logró un salvoconducto para que al menos los tres hermanos Céspedes y Gaudencio Pigni, fueran amnistiados y llegaran en secreto de Buenos Aires, donde estaban radicados para jugar el partido. En la final jugada en la cancha del Albion, Nacional venció al C.U.R.C.C. por 3 a 2 con goles de los Céspedes, quienes habían llegado instantes previos al partido, conquistando uno de los campeonatos más épicos en la historia del fútbol uruguayo.
El capitán del equipo durante 1903 fue Miguel Nebel. Sin embargo, tras el estallido de la guerra Nebel fue reclutado por el ejército del gobierno, por lo que, en la final del torneo, el capitán fue Ernesto Bouton Reyes. Otra baja importante que sufrió el equipo fue la del delantero Gonzalo Rincón, quien se radicó en campaña para enrolarse al ejército blanco de Aparicio Saravia, siendo sustituido en la final por Carlos María Cuadra. Los tres hermanos Céspedes y Gaudencio Pigni, por su condición de blancos se negaron a pelear con el ejército colorado y se habían radicado en Buenos Aires, sin embargo, tras la gestión política, pudieron jugar la final y resultaron las figuras decisivas que definieron el torneo. Los protagonistas del plantel en aquella campaña fueron, el arquero Amílcar Céspedes, los backs Carlos Carve Urioste y Boutón Reyes, los halfbacks Miguel Nebel, Luis Carbone, Gaudencio Pigni, Germán Arímalo, Emilio Mongay y Ángel Muñoz y los forwards Gonzalo Rincón, Bolívar Céspedes, Carlos Céspedes, Carlos María Cuadra, Eduardo De Castro y Alejandro Cordero.
