En la temporada 2019 Nacional conquistó uno de los Campeonatos Uruguayos más importantes de la historia. El contexto en el cual se ganó el torneo, las dos finales clásicas ganadas en 4 días y las adversidades deportivas y extradeportivas que el equipo debió sortear durante aquella campaña, convirtieron al Campeonato Uruguayo de 2019 en uno los torneos más festejados por la hinchada. El Campeonato Uruguayo 2019 se disputó entre el 16 de febrero y el 15 de diciembre, entre los 16 clubes de 1ª División. Al comienzo de temporada, se disputó el Apertura, al inicio del segundo semestre, se jugó el Torneo Intermedio y en el cierre del año se jugó el Torneo Clausura y las finales del Campeonato. Un hecho estadístico destacable, es que Nacional durante el torneo disputó 18 partidos de visitante, de los cuales solamente uno lo jugó en el Estadio Centenario.
El Campeonato Uruguayo 2019, estuvo marcado de principio a fin por irregularidades y escandalosos fallos arbitrales sin precedentes en nuestro fútbol, los cuales perjudicaron a Nacional y alteraron el normal desarrollo del torneo. A nivel deportivo, Nacional tuvo un mal comienzo de campeonato. Tres empates y dos derrotas cosechadas en las cinco primeras fechas, comprometieron la chance del equipo en el torneo y precipitaron el cambio de entrenador. A partir de la sexta fecha, ya con Álvaro Gutiérrez como Director Técnico, Nacional hilvanó una pequeña racha de victorias, que le permitieron acortar distancias con el líder Peñarol. El 12 de mayo, se jugó el clásico del Torneo Apertura, por primera vez en el nuevo estadio de Peñarol. El encuentro, se vio desnaturalizado por un lamentable arbitraje, sin embargo, Nacional se sobrepuso a esa adversidad y logró un empate 1 a 1, tras disputar 50 minutos con un jugador de menos. Este punto logrado por Nacional, si bien para el desenlace del Torneo Apertura no tuvo casi influencia, resultó decisivo para el cierre de la Tabla Anual y para el Campeonato. En el torneo Intermedio, Nacional logró una contundente goleada ante Peñarol por 3 a 0 con dos goles de Gonzalo Castro y uno de Felipe Carballo, que le permitió finalizar el segundo torneo del año, como líder de la tabla anual un punto por encima de Peñarol. En el inicio del Clausura, Nacional mostró su mejor versión futbolística. Una racha de 7 victorias consecutivas, entre las que se destaca la goleada a Liverpool 4 a 1 de la primera fecha, posicionaron definitivamente a Nacional como líder del torneo. El 17 de noviembre, se disputó el tercer clásico del torneo, el cual podía dirimir el Clausura y la Tabla Anual. Nacional, fue algo superior a Peñarol y debió ganar el encuentro, de no mediar un imperdonable error arbitral, al no cobrar un penal sobre Pablo García a pocos minutos del final. Progreso y el Estadio Abraham Paladino, se convirtieron en los jueces del torneo. Nacional ganó su partido en ese reducto por 1 a 0 con un gol de cabeza de Mathías Laborda, mientras que Peñarol dejó dos puntos tras igualar sin goles. En la última fecha, Nacional venció a Juventud de las Piedras en el Centenario y aseguró la Tabla Anual, mientras que Peñarol venció a Cerro Largo e igualó a Nacional en la tabla del Clausura forzando una final. La final del Clausura, se jugó el 11 de diciembre en el Estadio Centenario con el sistema VAR. A los 16 minutos del complemento, Zunino habilitó por izquierda al “Chori” Gonzalo Castro, quien definió cruzado marcando el 1 a 0 y 6 minutos más tarde, el zaguero Guzmán Corujo, ganó de cabeza en el área rival y anotó el 2 a 0 definitivo, con el que Nacional conquistó el Torneo Clausura. Cuatro días después, el 15 de diciembre, se disputó la final del Campeonato Uruguayo entre Peñarol, Campeón del Apertura y Nacional, Campeón del Clausura. El reglamento establecía, que si Nacional ganaba esa final, se consagraba Campeón Uruguayo automáticamente, si en cambio el vencedor era Peñarol, Nacional tenía derecho a disputar dos finales más con los aurinegros, por haber sido el ganador de la Tabla Anual. El encuentro se jugó bajo una lluvia torrencial y fue bastante parejo durante casi todo el trámite. A falta de 10 minutos para el final, Santiago Rodríguez levantó un corner pasado desde América y Amsterdam, Sebastián Fernández recogió la pelota desde el otro sector y envió un buscapié, que conectó Matías Zunino para marcar el gol del título. Con ese gol, Nacional se consagró Campeón Uruguayo 2019 y ganó su tercera final clásica del año, dos de las cuales las ganó en 4 días.
A comienzos de 2019, la Directiva contrató al entrenador argentino Eduardo Domínguez para dirigir al equipo. Domínguez asumió a principios de enero y a pesar de haber conquistado la Supercopa Uruguaya y de obtener en la Copa Libertadores importantes triunfos ante Zamora y Atlético Mineiro, los malos resultados cosechados en las primeras 5 fechas del Uruguayo, precipitaron su salida. Domínguez fue cesado el 16 de marzo y al día siguiente asumió Álvaro Gutiérrez, un técnico de la casa, que había realizado una brillante campaña como entrenador Nacional en la temporada 2014/2015. El arquero en los primeros partidos del Apertura fue Esteban Conde, sin embargo, en el transcurso del Apertura, Conde tuvo una merma en su rendimiento, que llevó a que luego del partido de la décima fecha ante Fénix en el Capurro, Gutiérrez le diera la titularidad al panameño Luis Mejía. Mejía, que había llegado a Nacional en 2016, fue el arquero durante casi todo el torneo y fue una de las figuras decisivas para la conquista del Uruguayo 2019. En noviembre, rechazó una citación a la selección de Panamá, para poder defender a Nacional y además de ser uno de los líderes y referentes del plantel, en lo futbolístico tuvo excelentes actuaciones en todos los partidos y principalmente en las finales ante Peñarol. Cabe también el destaque para Sergio Rochet, un arquero que llegó a Nacional en julio de 2019 procedente del fútbol de Bélgica, que ocupó el arco en seis de los encuentros. El lateral derecho, fue durante casi todo el torneo Guillermo Cotugno, aunque en la recta final del torneo, actuó en varios partidos Armando Méndez. La pareja de backs, habitualmente la conformaron Guzmán Corujo y Felipe Carvalho y en algunas ocasiones también alternó Mathías Laborda, un juvenil que tuvo un gran desempeño en las finales ante Peñarol y que anotó un gol muy importante en el Paladino ante Progreso. El lateral izquierdo fue Matías Viña, un jugador surgido en las Divisiones Juveniles del Club, que fue la figura del certamen y que su actuación en aquel torneo, le valió la citación a la Selección Uruguaya. El volante central del equipo fue Rafael García, quien alcanzó su cuarto Campeonato Uruguayo con Nacional. Durante el Apertura, al lado de García jugó Gabriel Neves, pero tras quedar radiado por una lesión en el pie, en el Clausura ocupó ese puesto Felipe Carballo. El volante por derecha fue Matías Zunino, quien anotó el gol del título en la última final. En ataque, actuaron durante el certamen Santiago Rodríguez, Brian Ocampo, Gonzalo Bergessio, goleador del equipo y el “Chori” Gonzalo Castro, quien alcanzó su cuarto Campeonato Uruguayo con el Club.
