El 14 de junio de 2006, Nacional venció en el Gran Parque Central a Miramar Misiones 1 a 0 con gol del panameño José Luis Garcés y se consagró campeón del Torneo Clausura de la temporada 2005/2006. El certamen se disputó durante el primer semestre de 2006, a una rueda entre los 17 clubes de 1ª División. En el Torneo Apertura de esa temporada, Nacional no había podido lograr el título debido a una quita de puntos por unos incidentes suscitados en el año 2004. En el Torneo Clausura, repitió la buena campaña y obtuvo el título anticipadamente, clasificándose para disputar las finales del Campeonato Uruguayo ante Rocha FC. Nacional fue dirigido técnicamente por Martín Lasarte y capitaneado por Marco Vanzini y el equipo tuvo como figuras destacadas al “Chori” Gonzalo Castro, Jorge Bava, Mauricio Victorino, Juan Ángel Albín, el paraguayo Jorge Brítez y el salteño Luis Suárez, quien fue el goleador del equipo con 7 tantos.
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