El 15 de febrero de 2009, Nacional se consagró campeón del Torneo Apertura 2008/2009 y se clasificó para disputar las finales del Campeonato Uruguayo de esa temporada. El torneo estuvo marcado por un recordado episodio, en el que el árbitro Líber Prudente suspendió absurdamente el partido de la 2ª fecha entre Nacional y Villa Española antes de su comienzo. Nacional libró una dura batalla política y tras una excelente defensa de los delegados de la Institución y de los representantes del Club en los distintos estamentos de la A.U.F., se logró que el partido se dirimiera deportivamente en la cancha, recién el día 3 de diciembre de 2008. El clásico ganado por 1 a 0 ante Peñarol y la victoria finalmente lograda ante Villa Española en la cancha, permitieron a Nacional igualar a Danubio en la primera posición y forzar una final. El 15 de febrero de 2009, Nacional venció en la final a Danubio 2 a 1 con 10 jugadores y se quedó con el Torneo Apertura.
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