A comienzos de 1989, Nacional se consagró campeón de la primera edición de la Recopa Sudamericana y logró el vigesimoprimer título internacional oficial de su historia. La Recopa Sudamericana, fue instituida por la Confederación Sudamericana de Fútbol para ser disputada entre los campeones de la Copa Libertadores y la Supercopa de la temporada anterior. En aquella primera edición de 1989, se enfrentaron en partidos de ida y vuelta Nacional y Racing de Avellaneda, como respectivos campeones de la Copa Libertadores y la Supercopa de la temporada 1988.
El 30 de enero de 1989 se jugó el encuentro de ida en el Estadio Centenario. En el primer tiempo del encuentro, Nacional salió a presionar a Racing en su campo y generó varias chances de gol, aunque no pudo abrir el score. A los 15 minutos del complemento, Héctor Núñez incluyó al juvenil Daniel Fonseca y unos minutos después de su ingreso, Fonseca ganó una pelota ante Lamadrid, cedió en profundidad para William Castro y picó hacia el área, Castro desbordó por izquierda, envió un centro bajo y Fonseca remató con toque corto anotando el 1 a 0 en el arco de la Amsterdam. El 6 de febrero se jugó la revancha en el Estadio José Amalfitani de Liniers, ya que el estadio de Racing “Juan Domingo Perón” estaba suspendido por un incidente acaecido en un partido del torneo argentino. Racing tomó la iniciativa desde el comienzo y la mayor parte del trámite se desarrolló en campo tricolor. Nacional sostuvo aquel encuentro basado en la solidez y la jerarquía de su defensa, su mediocampo y de Jorge Seré. A los 19 minutos del segundo tiempo, el árbitro sancionó un penal para Racing por una mano sin intención de Tony Gómez. El penal lo ejecutó Walter Fernández con muchísima potencia, cruzado y a media altura, pero Seré voló a su izquierda y contuvo el disparo que parecía inatajable. Luego del penal, fue como si Racing hubiera comprendido que aquella defensa de Nacional era inexpugnable. A partir de ese momento, Racing sólo envió pelotazos al área que fueron fácilmente resueltos por los zagueros, hasta que finalizó el partido y Nacional conquistó de esta forma, la primera edición de uno de los torneos internacionales más prestigiosos del continente.
Luego de consagrarse Campeón del Mundo en diciembre de 1988, Nacional sufrió algunas bajas trascendentes. Tras el regreso de Japón, el técnico Roberto Fleitas, no renovó su vínculo con el Club, mientras que varios jugadores del plantel tampoco continuaron en la Institución. Yubert Lemos, retornó a Independiente Medellín de Colombia, Ernesto Vargas fue transferido al Oviedo de España, mientras que el préstamo de Juan Carlos De Lima venció el 31 de enero de 1989 y no se pudo renovar. Tampoco continuaron en el Club algunos de los jugadores de recambio como Martín Lasarte, Daniel Carreño y Mario López. El Director Técnico de Nacional en la Recopa fue Héctor “Pichón” Núñez, quien había asumido el cargo en enero de 1989, junto a Guillermo Escalada como Ayudante Técnico. El Capitán fue Hugo De León y el equipo se integró con Jorge Seré en el arco, quien nuevamente atajó un penal decisivo para la obtención de un título, la línea de fondo la conformaron Tony Gómez, Felipe Revelez, Hugo De León y en el lateral izquierdo alternaron Pintos Saldanha y Carlos Soca. En el mediocampo jugaron Jorge Cardaccio, Santiago Ostolaza y Javier Cabrera, un volante recientemente incorporado de Huracán Buceo y en ataque jugó Julio Zoppi por derecha, el salteño Sergio Olivera por el centro y por izquierda lo hizo William Castro, quien fue el mejor jugador del certamen. En el transcurso de ambos partidos ingresó el delantero Daniel Fonseca, un juvenil de 19 años que tan solo tenía 6 partidos oficiales en primera y que en definitiva, fue quien anotó el gol decisivo para la conquista de la Recopa.
